中國農業大學食品科學與營養工程學院副教授范志紅介紹說，奶類的加工與消化，大致涉及兩方面的問題，一是蛋白質的變性，二是脂肪球的變化。
蛋白質的變性
大部分含蛋白質的食物加熱后會更容易消化，主要是因為蛋白質變性后空間結構部分喪失，結構較為松散，便于消化酶的分解。比如，原來蛋白質是一個毛線球一樣的狀態，消化酶要高效率地分解它，顯然不那么容易，而如果毛線球散開變成了單根的毛線，分解就容易多了。
但是，牛奶的蛋白質是由兩大部分組成的——一部分是乳清蛋白質，一部分是酪蛋白，其中酪蛋白約占80%。
牛奶被加熱后會導致乳清中的蛋白質變性，由原來的球狀蛋白解開成鏈狀，更易于被酶水解。即使加熱溫度只有72℃，到不了沸騰狀態，也能使乳清中的蛋白質變性，從而更容易被人體消化。
與乳清中的蛋白質不同的是，牛奶的酪蛋白很耐熱，它也不是簡單的球狀，而是一個非常龐大的蛋白質網絡。目前市面上銷售的奶制品的加熱強度對牛奶中酪蛋白結構的影響并不大。所以，如果是對酪蛋白消化有困難的人群，無論生奶、熟奶，酪蛋白都一樣不易消化。
那么，如何才能讓酪蛋白好消化呢？辦法就是發酵。牛奶被做成酸奶之后，外層的親水kappa-酪蛋白亞基酪蛋白的天然結構就會受到一定破壞，它們松松地凝聚成凝凍狀態，要比沒有發酵之前酪蛋白在胃里凝成的塊狀更好消化，這也是為什么很多人覺得酸奶更好消化的原因之一。
如果想讓酪蛋白變得更好消化，可以進一步地發酵，比如做成發酵時間比較長的奶酪產品，它的酪蛋白會被微生物的蛋白酶切成更小的片段，幼兒和一些消化力很弱的人也能接受。
對其他食物來說，如果加熱過程中蛋白質過度凝聚，質地緊密，有可能增加消化難度，比如雞蛋煮老了之后蛋白不太好消化，加熱過度之后部分蛋白質還會發生交聯化，降低消化率。但牛奶沒有凝聚問題，也沒有過度交聯問題，所以不必擔心加熱的牛奶不好消化。
脂肪球的變化
牛奶中天然存在很多脂肪球，其外部包著一層有乳化作用的磷脂和蛋白質，相當于一團油脂的外面裹上了一件內層喜歡油、外層喜歡水的雙面外衣。有了這層外衣，脂肪和水也能和諧相處于牛奶當中了。
其實，牛奶之所以是乳白色的，并不是因為所謂的乳白色色素，而是因為無數個乳化的脂肪微球散射光線，形成了乳白色的效果。不過，牛奶中的天然脂肪微球，大小并不一致，一旦有些振動或加熱，脂肪球就很容易上浮聚集成一層，這就是牛奶被煮過之后形成的“奶皮”。
不過，經過加工的市售巴氏奶或滅菌奶，都是經過均質處理的，乳化得更加充分，乳白色的感覺也會更強，口感也會更加細膩。同時，因為脂肪球體積變小，因而不容易上浮，所以也不容易煮出奶皮來，但其中的脂肪含量并沒有任何變化。只是均質之后，牛奶好像不那么“油”了，似乎更“稀”了。
而脂肪球的粒徑減小后，總表面積加大，更有利于脂肪酶在水-脂肪界面上的消化作用。脂肪酶是一種蛋白質，不溶于油脂。所以必須把油脂乳化成微球，脂肪酶才能和脂肪充分接觸，把它們分解成甘油和脂肪酸。乳化微球越小越多，脂肪酶才越能在水油界面上發揮作用。另一方面，在大脂肪球變成小脂肪球的過程中，牛奶乳脂肪球原本完整的磷脂膜被破壞了，使得原來被膜阻隔的脂肪酶可以進入到脂肪球中水解甘油三酯。
所以，經過均質和70℃、80℃加熱的巴氏奶也好，經過120℃以上溫度加熱的滅菌乳也好，都會比生牛奶容易消化。
但是，用過濾除菌方法生產的牛奶，就沒有蛋白質變性的過程了。它的好處是可以保留牛奶中的一些不耐熱因素，比如免疫球蛋白、細胞因子、生長因子之類，以及容易揮發的香氣成分，乳清蛋白沒有被變性。不過乳清蛋白容易消化，大部分人群不用擔心消化問題。而喝牛奶脹氣拉肚子這種情況屬于乳糖不耐受，和牛奶生熟無關。
最好不要喝生奶
生牛奶中可能帶有多種致病菌，如帶有結核桿菌、布氏桿菌等的風險都可能存在。在沒有除菌處理的情況下，生奶是一定不能喝的，必須加熱煮沸后再喝。
市售牛奶中，過濾除菌的牛奶自然是最接近于生奶的，營養素損失也最小。巴氏奶加熱殺菌溫度較低，能保持良好的口感和風味，維生素損失小，前提是有良好的管理，避免污染致病菌。至于室溫存放的滅菌奶，已經殺滅了各種細菌及其芽孢，故致病菌的風險最小，只是要犧牲一些風味，B族維生素含量也有下降。
此外，還要注意對牛奶過敏的情況，對牛奶急性過敏的人有多種情況，有的是對乳清蛋白過敏，也有的是對酪蛋白過敏，有的是對蛋白質三維結構中的一個空間結構敏感，也有的是對肽鏈上的線性位點敏感。顯然，加熱很難把酪蛋白過敏的問題解決。
部分對乳清蛋白過敏的人，可能會隨著牛奶加熱后蛋白質三維結構喪失而消除過敏，但部分人也可能會因為蛋白質空間結構變化而產生新的過敏。所以，不能因為牛奶經過加熱就認為可以消除過敏問題。對牛奶急性過敏的人，任何牛奶產品都不能接觸；對牛奶有慢性過敏的人群，喝接近于生奶的過濾除菌產品，可能消化難度稍稍大一點。通常喝酸奶、吃奶酪比喝牛奶的反應小一些，可能是因為蛋白變成碎片之后降低了過敏性。